编程的基础，既有数学，也有逻辑。逻辑思维能力，是儿童发展的一个基本能力，在文理各个方向都是十分重要的基础。少儿编程，可能是较好次对儿童正式的、系统的进行逻辑方面的锻炼。
事件逻辑：其次是事件逻辑，基于事件的判断，也是儿童比较熟悉的。少儿编程用几种基本的事件模式，来生成事件判断语句。在Scratch中都是以“触碰”为核心动作来构建的。
逻辑运算：在简单的逻辑推理中，三种基本逻辑运算是重要的基础。即与逻辑、或逻辑和非逻辑——这三种基本逻辑在少儿编程中大量的使用到。
所以在少儿编程中，逻辑思维的训练是一个基本训练，这也是程序设计及计算机科学方向的一个基本核心特征。儿童将在大量的问题解决和任务控制中，形成系统化的有逻辑的解决方案。突出锻炼到儿童的逻辑思维能力。这种逻辑训练的密集度，不是其它活动所能比拟的。